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由于企业所得税法和企业财务会计制度的目的不同，企业会计收入分类侧重于经济收入的稳定性和经常性，税法收入分类的基础是税收政策待遇的异同。因此，税法上所称的“成本”概念比会计上所称的“成本”概念范围要大，它不仅包括企业的主营业务成本（销售商品、提供劳务、提供他人使用本企业的无形资产），还包括其他业务成本（销售材料、转让技术等）和营业外支出（固定资产清理费用等）。
税法与会计制度对“成本”定义的差异性，增加了税务部门执行企业所得税法的难度。
其一，由于企业所得税是以应纳税所得额为计税依据，以会计利润为计税基础的，所以，部分企业常常通过抬高原材料消耗定额和商品、产品损耗标准，特别是粮食、石油、酒精、原煤、其他工业原料等商品损耗，来扩大成本。
其二，由于所得税申报表中的许多指标填报口径与财务指标口径相差较大，平时季度预缴均采用传统的以会计利润决定应纳税所得额的办法，到年终汇算清缴时才对会计利润进行纳税调整，此时有的企业已经产生很大的会计利润调增，造成企业所得税税款的延时缴纳。
针对存在的问题，笔者建议：
各地政府组建由当地经贸委牵头，商贸局等部门和各行业协会参加的标准化生产（经营）管理小组，共同制定一个各地统一的原材料消耗定额和商品、产品合理损耗标准。规定各种产品的原材料消耗定额和每种商品的自然损耗率，以防止企业故意加大原材料消耗和商品、产品自然损耗，来抬高“成本”，保证企业所得税税基不被侵蚀，同时也方便税务人员在从事纳税评估、征收管理和稽查审核的过程中比照掌握。
通过政策辅导来提高企业规范化核算的水平，逐步减少税法与财务制度在核算中出现的差异，提升企业办税能力。
要向纳税人明确界定税法上所称的“所得额”和“亏损”的含义，使其与财务制度上的规定严格区别开来。同时，对所得额和亏损的确认、隐匿收入和虚报亏损处理以及企业合并、投资收益亏损弥补的程序、责任要作进一步细化和明确。对一些具体的财务处理项目，要本着统一、规范和有利于税收管理的原则，作相应的简化、调整。准备金的提取，因会计制度规定的范围较广，应作适当的调整。对收入的确定，建议在《企业所得税法实施条例》中，改变过去季度预缴税款以会计利润决定应纳税所得额的做法，在季度申报时就及时要求企业对会计利润进行纳税调整。
同时，积极帮助企业，特别是民（私）营企业建立企业产成品生产流程（周转）制度，完备企业材料（商品）入库、发出（领用）、报损手续。在日常税收征管工作中，税务机关要加强对企业税前扣除的成本、费用、损失的真实性审核管理。
