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1.退税资格审核
对不符合退税条件的企业不予资格认定，对未办理和未取得《增值税先征后返资格认定表》或新闻出版局出具的资格认定函的企业不予办理退税。
2．退税资料审核
对既经营退税产品，又兼营非退税产品的企业，审核其销售商品是否分别核算；审核退税单位的申报资料要件是否齐全；申报退税品目是否与《一般增值税先征后返资格认定表》的认定范围一致；退税产品的销售收入是否单独核算；退税单位申报的应退税品目的销售收入、销项税金、进项税金、进项税金转出等数额是否真实、准确，相互之间的钩稽关系是否正确，必须与销售收入明细账，应缴税金明细账核对相符。
3．税票审核
主要审核税种和预算级次是否正确、税款所属年度是否与申报一致、缴款人和申报人是否对应、印章是否齐全（特别是国库经收处的印签）、有无漏填项目、有无“稽查”、“补税”字样、有无出口商品增值税专用税票；税票原件是否为第一联。
4．增值税纳税申报表审核
重点审核账表之间对应、钩稽关系及数字的一致性、真实性，并将增值税申报表反映的应缴税金、已缴税金与税票合计数进行核对，是否存在应缴未缴或“寅吃卯粮”的情况。
5、不得先征后返的几种情形
（一）政策执行期内有欠税的企业不能申报退税。政策执行期内发生欠税的企业，只有在税款足额缴纳入库后才可办理增值税“先征后返”手续。
（二）执法部门查补的税款不能申报退税。对税务机关、审计机关、专员办等执法机关根据税法有关规定查补的增值税税款，不得享受返还的优惠政策。
（三）未缴税款和超缴税款均不得申报退税。对应缴未缴税款或税务机关“寅吃卯粮”收取的过头税，不得办理退税。
（四）退税产品和非退税产品未分别进行增值税核算的企业，一般不能申请退税。对符合增值税“先征后返”条件且兼营非退税商品的再生资源回收企业，其增值税“先征后返”政策自实行分账核算的季度起执行。凡未按规定实行分账核算的企业，原则上不能享受退税产品“先征后返”优惠政策。
（五）退税产品应按规定抵扣进项税额，未按规定抵扣、分摊抵扣进项税额的，不能申报退税。退税产品进项税额具体分摊办法如下：
凡从对方开出的增值税发票上能分开的，按照发票注明的金额分别记账；不能准确划分进项税额的，按下列公式计算：
退税产品应抵扣的进项税额=进项税额×（当月退税产品销售收入/当月全部产品销售收入）
